New-York, de nos jours. Au cours d’une soirée, Clary, 15 ans, est témoin d’un meurtre. Elle est terrifiée lorsque le corps de la victime disparaît mystérieusement devant ses yeux… Elle découvre alors l’existence d’une guerre invisible entre des forces démoniaques et la société secrète des Chasseurs d’Ombres.

Pour sauver Hunter, son ancien partenaire et mentor, Danny accepte de reprendre du service et de reformer son équipe. Mais celui qui était l’un des meilleurs agents des forces spéciales va cette fois affronter sa mission la plus périlleuse.